Kokybės valdymo sistema apima tvarkas ir procedūras, sukurtas tam, kad AAI būtų pagrįstai užtikrinta, jog ji ir jos personalas laikosi profesinių standartų ir taikomų teisės aktų nustatytų reikalavimų. Šios sistemos tikslas yra užtikrinti, kad visi atliekami auditai išlaikytų aukštą kokybės lygį. Valstybinių auditų kokybės užtikrinimo nuostatos pateiktos Valstybinių auditų kokybės užtikrinimo vadove, parengtame pagal 140-ąjį TAAIS „AAI kokybės valdymas“.
