Viso audito atlikimo metu audito įrodymai turi būti aptariami su audituojamu subjektu – atsakingais asmenimis ir pagal poreikį su vadovybe, audituojamo subjekto nuomonė pateikiama darbo dokumentuose. Iki audito ataskaitos projekto pateikimo audituojamam subjektui neturi likti neaptartų įrodymų. Audito įrodymų aptarimas sumažina nesutarimų tarp auditoriaus ir audituojamo subjekto riziką ir gali pagreitinti audito ataskaitos pateikimą. Kilus nesutarimų, auditorius neprivalo atsisakyti ginčytinų įrodymų arba savo vertinimų, tačiau nesutarimo faktas turi būti dokumentuotas. Tokiais atvejais rekomenduojama konsultuotis su valstybės kontrolieriaus pavaduotoju, kuruojančiu auditą, Teisėtumo užtikrinimo departamento darbuotojais ar metodologais. Auditorius turi gauti iš audituojamo subjekto atstovų dokumentus, kuriais jie pagrindžia savo nuomonę.
Esant reikšmingų nesutarimų dėl audito pastebėjimų ir išvadų, būtina gauti audituojamo subjekto darbuotojų ir (ar) pagal poreikį vadovybės raštišką nuomonę ir argumentus konkrečiu ginčytinu klausimu. Tokiais atvejais auditorius turi įvertinti, ar audituojamo subjekto nuomonę tikslinga pateikti ir audito ataskaitoje.
Auditorius turi informuoti audituojamą subjektą apie nustatytas reikšmingas neatitiktis. Jeigu atliekant auditą auditorius nustato neatitikčių, kurių vertinti neplanavo (jos nėra tiesiogiai susijusios su audito objektu), apie nustatytas neatitiktis taip pat turi informuoti audituojamą subjektą. Rekomenduojama audituojamo subjekto atsakingus asmenis informuoti raštu, tačiau prieš siunčiant raštą nustatytus neatitikimus su subjekto atsakingais asmenimis naudinga aptarti žodžiu. Tai leis lengviau ir tiksliau parengti raštą. Auditorius gali priimti profesinį sprendimą nereikšmingus trūkumus pranešti subjektui žodžiu, bet darbo dokumentuose turi būti fiksuojami visi su audituojamo subjekto atsakingais asmenimis svarstyti klausimai.
Jeigu auditorius įtaria, kad audituojamo subjekto vadovybės nariai yra susiję su nustatytais teisės aktų pažeidimais, apie tai privalo oficialiu raštu pranešti aukštesnio lygio įstaigos vadovui ir, jei būtina, teisėsaugos institucijoms. Valstybinio audito metu nustačius faktų, aplinkybių ir (ar) pažeidimų, kuriuos turėtų nagrinėti atitinkamos teisėsaugos institucijos, ir nusprendus valstybinio audito dokumentus perduoti pagal kompetenciją atitinkamai teisėsaugos institucijai, tai atliekama konsultuojantis su Teisėtumo užtikrinimo departamento teisininkais.
Jeigu atlikdamas auditą auditorius nustato audito objekto neatitiktį kitiems kriterijams, negu jis yra nusimatęs vertinti audito plane, jis turi įsivertinti nustatytų neatitikčių reikšmingumą. Jeigu nustatytos neatitiktys reikšmingos (lyginant su auditoriaus nustatytu kiekybiniu ir (ar) kokybiniu reikšmingumu) ir glaudžiai susijusios su audito objektu ir tikslu, auditorius šiuos naujus audito kriterijus turi įtraukti į audito planą ir informuoti apie šias neatitiktis audituojamą subjektą. Jeigu auditorius priima profesinį sprendimą, kad nustatytos neatitiktys nėra reikšmingos ir (ar) glaudžiai susijusios su audito objektu ir tikslu, šių kriterijų į planą gali netraukti, bet apie nustatytas neatitiktis informuoja audituojamą subjektą.
4000-asis TAAIS neapibrėžia reikalavimų prašyti audituojamo subjekto pateikti rašytinius pareiškimus dėl atitikties, tačiau, kai atitikties audito metu planuojama teikti auditoriaus nuomonę, gali būti prašoma pateikti rašytinius pareiškimus dėl atitikties.
Pateikti rašytinį pareiškimą audituojamo subjekto prašoma audito pabaigoje, prieš parengiant audito ataskaitą ir išvadą. Rašytinio pareiškimo šabloną galima rasti Šablonų skiltyje.