Viso audito atlikimo metu audito įrodymai turi būti aptariami su audituojamu subjektu – atsakingais asmenimis ir pagal poreikį su vadovybe. Audituojamo subjekto nuomonė pateikiama darbo dokumentuose. Iki audito ataskaitos projekto pateikimo audituojamam subjektui neturi likti neaptartų įrodymų. Audito įrodymų aptarimas sumažina nesutarimų tarp auditoriaus ir audituojamo subjekto riziką ir gali pagreitinti audito ataskaitos pateikimą. Kilus nesutarimų, auditorius neprivalo atsisakyti ginčytinų įrodymų arba savo vertinimų, bet nesutarimo faktas turi būti dokumentuotas. Tokiais atvejais rekomenduojama konsultuotis su valstybės kontrolieriaus pavaduotoju, kuriam tiesiogiai pavaldus auditą atliekantis departamentas, Teisėtumo užtikrinimo departamento darbuotojais ar metodologais. Auditorius turi gauti iš audituojamo subjekto atstovų dokumentus, kuriais jie pagrindžia savo nuomonę.
Esant reikšmingų nesutarimų dėl audito pastebėjimų ir išvadų, būtina gauti audituojamo subjekto darbuotojų ir (ar) pagal poreikį vadovybės raštišką nuomonę ir argumentus konkrečiu ginčytinu klausimu. Tokiais atvejais auditorius turi įvertinti, ar audituojamo subjekto nuomonę tikslinga pateikti ir audito ataskaitoje.
Jeigu auditorius įtaria, kad audituojamo subjekto vadovybės nariai yra susiję su nustatytais teisės aktų pažeidimais, apie tai privalo oficialiu raštu pranešti aukštesnio lygio įstaigos vadovui ir, jei būtina, teisėsaugos institucijoms. Valstybinio audito metu nustačius faktų, aplinkybių ir (ar) pažeidimų, kuriuos turėtų nagrinėti atitinkamos teisėsaugos institucijos, ir nusprendus valstybinio audito dokumentus perduoti pagal kompetenciją atitinkamai teisėsaugos institucijai, tai atliekama konsultuojantis su Teisėtumo užtikrinimo departamento teisininkais.
Jeigu pagrindinio tyrimo metu auditorius nustato papildomų veiklos trūkumų ir (ar) problemų, jis turi įvertinti jų reikšmingumą. Jeigu jos reikšmingos ir glaudžiai susijusios su audito objektu ir tikslu, auditorius atsižvelgdamas į tai turi įtraukti naujus audito klausimus, kriterijus į audito planą ar koreguoti esamus ir informuoti (oficialiu raštu ar el. paštu) apie tai audituojamą subjektą. Jeigu auditorius priima profesinį sprendimą, kad papildomai nustatyti veiklos trūkumai ir (ar) problemos nėra reikšmingi ir (ar) nėra glaudžiai susiję su audito objektu ir tikslu, naujų klausimų, kriterijų į planą gali netraukti, bet apie nustatytus veikos trūkumus ir (ar) problemas turi informuoti audituojamą subjektą. Tokiais atvejais rekomenduojama audituojamo subjekto atsakingus asmenis informuoti oficialiu raštu ar el. paštu (priklausomai nuo nustatyto trūkumo ir (ar) problemos reikšmingumo), tačiau, prieš informuojant, nustatytus veiklos trūkumus ir (ar) problemas su subjekto atsakingais asmenimis naudinga aptarti žodžiu. Tai leis lengviau ir tiksliau parengti raštą. Auditorius gali priimti profesinį sprendimą nereikšmingus trūkumus pranešti subjektui žodžiu, bet darbo dokumentuose turi būti fiksuojami visi su jo atsakingais asmenimis svarstyti klausimai.