Pagrindinio tyrimo tikslas – surinkti pakankamus ir tinkamus audito įrodymus, kuriais remdamasis auditorius galėtų atsakyti į audito klausimus ir pagrįsti audito ataskaitoje pateiktus pastebėjimus, išvadas ir rekomendacijas.
Pagrindinis tyrimas yra išankstinio tyrimo tąsa – audito darbai atliekami remiantis parengtu audito planu. Šio plano reikia laikytis atsižvelgiant į numatytus atlikti darbus, išteklius, terminus ir kokybę.
Pagrindinio tyrimo metu gavus naujos svarbios informacijos ar susidūrus su problemomis renkant įrodymus gali prireikti patikslinti audito planą. Patartina kuo mažiau reikšmingai jį keisti, išskyrus atvejus, kai tokie pakeitimai būtini. Visi reikiami pakeitimai turi būti fiksuojami laiku, kad, atsižvelgiant į reikiamus pakeitimus, esant poreikiui būtų tinkamai perplanuojami audito grupės narių darbai.
Pagrindinis tyrimas pradedamas ViPSIS sistemoje patvirtinus audito planą. Pagrindiniam tyrimui paprastai skiriama apie 40 proc. viso auditui skirto laiko.