Audito atlikimo etapo tikslas – siekiant audito tikslo surinkti pakankamus ir tinkamus audito įrodymus, kuriais remdamasis auditorius galėtų pagrįsti audito ataskaitoje ir išvadoje (jei teikiama auditoriaus nuomonė) pateiktus pastebėjimus, išvadas ir rekomendacijas. Audito atlikimo etapas pradedamas ViPSIS patvirtinus audito planą.
Auditas toliau atliekamas remiantis parengtu audito planu. Šio plano reikia laikytis atsižvelgiant į numatytas atlikti procedūras, išteklius, terminus ir kokybę.
Audito atlikimo metu gavus naujos svarbios informacijos ar susidūrus su problemomis renkant įrodymus, gali prireikti patikslinti audito planą. Patartina kuo mažiau reikšmingai jį keisti, išskyrus atvejus, kai tokie pakeitimai būtini. Visi reikiami pakeitimai turi būti fiksuojami laiku, kad, atsižvelgiant į juos, esant poreikiui būtų tinkamai perplanuojami audito grupės narių darbai.
Auditorius turi nuosekliai dokumentuoti atliekamas audito procedūras ir jų rezultatų vertinimą. Išsamiau – Dokumentavimo skiltyje.